Laboratorium Ekologi digunakan untuk mengamati atau menganalisis mengenai masalah ekosistem, populasi, maupun komunitas suatu organisme di lingkungan dimana hasil analisis didapatkan dari kegiatan di lingkungan /alam yang dilakukan dari kegiatan observasi maupun penelitian. Laboratorium ini digunakan baik untuk ekologi hewan maupun ekologi tumbuhan. Selain untuk bidang pendidikan, laboratorium ekologi juga difungsikan untuk penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang berkaitan dengan bidang ekologi. Adapun peralatan yang terdapat didalam laboratorium ekologi adalah big oven, Portable Combustion Analyzer, Multiparameter Water Quality Checker, Tensiometer DuNouy, Rubber Boat, Incubator, Digital COD Reactor, Portable ORP meter, Stereo Microscope, Flowatch, Binocular Microscope, Soil Salinity Tester, pH meter Portable, dan Portable DO meter.
