Laboratorium mikrobiologi mengembangkan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di bidang mikrobiologi. Mata kuliah dengan kegiatan praktikum yang dilakukan di laboratorium mikrobiologi diantaranya mikrobiolgi, mikrobiologi pangan, bakteriologi dan mikologi. Lingkup penelitian civitas baik dosen dan mahasiswa mengembangkan dan mengeksploitasi potensi mikroorganisme dari suatu lingkungan, melakukan Isolasi, identifikasi dan enumerasi mikroba, serta menganalisa kualitas perairan secara mikrobiologi dengan metode MPN dan TPC. Laboratorium mikrobiologi dilengkapi dengan fasilitas dan peralatan penunjang yang memadai seperti safety cabinet, autoklaf, incubator, orbital shaker, trinocular microscope dan lainnya.